Thành phố Manchester có ba trường đại học: Đại học Manchester, Đại học Metropolitan Manchester và Học viện Âm nhạc Hoàng gia Miền Bắc. Đại học Manchester là đại học phi đoàn thể lớn nhất tại Anh Quốc và được thành lập vào năm 2004 khi hợp nhất Đại học Victoria Manchester thành lập từ 1904 và UMIST thành lập từ 1956,[164] song biểu trưng của đại học này thể hiện tuyên bố nó được thành lập vào năm 1824. Đại học Manchester bao gồm Trường Kinh doanh Manchester, trường này cung cấp khoá học thạc sĩ quản trị kinh doanh đầu tiên tại Anh Quốc vào năm 1965. Đại học Metropolitan Manchester được thành lập với tên gọi Manchester Polytechnic dựa trên sáp nhập của ba trường cao đẳng vào năm 1970. Trường đạt được vị thế đại học vào năm 1992, và trong cùng năm nó sáp nhập Cao đẳng Giáo dục bậc cao Crewe and Alsager tại South Cheshire.[165] Đại học Luật (ULaw) là bên cung ứng lớn nhất đào tạo tư pháp chuyên nghiệp tại châu Âu, họ có một khu trường sở tại thành phố.[166]

Ba trường đại học tập hợp quanh đường Oxford về phía nam của trung tâm thành phố, tạo thành khu giáo dục đại học đô thị lớn nhất châu Âu.[167] Tổng cộng các trường có 76.025 sinh viên bậc đại học vào năm 2015,[168] song gần 6.000 trong số đó học tại các khu trường sở của Đại học Metropolitan Manchester tại Crewe và Alsager thuộc Cheshire.[169]

Một trong các trường trung học nổi tiếng nhất tại Manchester là Trường Ngữ pháp Manchester. Trường này được thành lập vào năm 1515,[170] với vị thế là một trường ngữ pháp tự do nằm cạnh nơi mà nay là Nhà thờ chính toà, vào năm 1931 nó chuyển đến Old Hall Lane tại Fallowfield, nam Manchester, để đáp ứng số học sinh gia tăng. Trong giai đoạn hậu chiến, nó là một trường ngữ pháp trợ cấp trực tiếp (tức nhận tài trợ một phần của nhà nước), song chuyển sang tình trạng độc lập vào năm 1976 sau khi bãi bỏ hệ thống trợ cấp trực tiếp.[171] Cơ sở trước đây của trường nay do Trường Âm nhạc Chẹtham sử dụng.

Năm 2010, Nhà đương cục giáo dục địa phương (LEA) Manchester xếp hạng cuối trong số mười nhà đương cục của Đại Manchester – và đứng thứ 147/150 trên toàn quốc– dựa trên tỷ lệ học sinh đạt được ít nhất là năm điểm A*-C trong kỳ thi lấy bằng trung học phổ thông (GCSE) bao gồm toán và tiếng Anh (38,6% so với trung bình toàn quốc là 50,7%). LEA cũng có tỉ lệ học sinh vắng mặt hàng ngày cao nhất.[172][173] Trong các trường của LEA có từ 30 học sinh trở lên, bốn trường có từ 90% học sinh đạt ít nhất 5 điểm A*–C tại GCSE bao gồm toán và tiếng Anh: (Trường Trung học Nữ sinh Manchester, Cao đẳng St Bede, Trường Trung học Hồi giáo Nữ sinh Manchester, và Trường Trung học The King David High School) trong khi ba trường có từ 25% trở xuống (Cao đẳng Nghệ thuật Plant Hill, Trường Trung học Nam sinh North Manchester, Trường Trung học và Cao đẳng Thể thao Brookway).[174]